凤凰山的植物种类繁多，以下是一些主要的植物名称：

阴香、 山乌桕、 鸭脚木、 小叶榕、 高山榕、 孔雀豆、 山龙眼、 猴耳环

马尾松、 湿地松、 台湾相思、 大叶相思、 桉树

刺槐（洋槐）

山杨

青冈

断肠草（马钱科植物胡蔓藤）

杉、 椆、 山杜鹃、 石斑木

山黄枝、 野牡丹、 桃金娘

芒箕、 凤尾蕨、 莎草科矮生草甸植物

鹧鸪草、 岗茶、 席芦、 黑莎草、 纤毛鸭嘴草、 铺地蜈蚣

台湾肉桂、 洛神葵、 平戶杜鵑、 小葉桑、 鐵刀木、 台灣五葉松、 根棒椰子、 柚子、 大王仙瀝、 桃子、 蘇鐵、 台灣欒樹、 龍吐珠、 大花紫薇、 牛角蕨、 春不老、 樹茄、 旋瓣朱瑾、 柿子、 檳榔、 彩葉草、 番木瓜、 香椿、 薄荷、 明目草、 檳榔、 彩葉草、 番木瓜、 香椿、 薄荷、 明目草

杜仲、 杨梅、 银杏、 南方红豆杉、 楠木、 广玉兰、 红叶李、 红梅、 桂花、 柳杉、 山茶、 香樟、 桦木、 雪松、 刺槐、 枫树、 白栎、 麻栎、 女贞、 老鼠矢、 山矾、 柃木、 杜鹃、 悬钩子、 盐肤木、 五节芒、 白茅、 铁芒箕、 狗脊、 竹叶草、 莎草

韩信草（唇形科，又叫耳挖草、金茶匙、牙刷草）

这些植物共同构成了凤凰山丰富多样的生态环境，使其成为一个生态保育和科研的重要基地。