秦淮，即秦淮河，其名称历史悠久，经历了多次变更。以下是秦淮河的主要别称及其由来：

龙藏浦：

这是秦淮河最早的名字，相传秦始皇南巡至龙藏浦，发现有王气，于是凿方山，断长垄为渎入于江，以泄王气，故名秦淮。

淮水：

汉魏六朝时期，秦淮河被称为淮水。据《康熙字典》引《释名》解释说，“淮”有围绕的意思，可能是指秦淮河主流及其支流组成的网络，缠绕南京，养育着南京人民。

小江：

秦淮河也被称为小江，这可能是相对于其他更大的河流而言。

秦淮：

到了唐代，根据“凿方山，断长垄”的传说，淮水被改称为秦淮。

综上所述，秦淮河的主要别称有龙藏浦、淮水和小江。这些名称反映了秦淮河在不同历史时期的地理特征和文化内涵。