新疆的祖先主要是 回鹘人。回鹘人，中国历史上一个重要的游牧民族，其历史可以追溯到唐代，并在元代时建立了强大的回鹘帝国。在漫长的历史进程中，回鹘人逐渐与其他民族融合，形成了今天的新疆地区的主要居民。

回鹘人的起源可以追溯到古代游牧民族，他们曾在今天的中国北方和西北贝加尔湖以南地区生活。随着历史的变迁，这些民族部落逐渐向西迁移，最终定居在现在的新疆地区。在新疆，回鹘人不仅保留了自身的文化特色，还融入了其他民族的文化元素，对当地的文化发展产生了深远的影响。

新疆在中国的历史中扮演了重要角色。作为五个民族自治区之一，新疆占中国陆地总面积的六分之一。其全称是新疆维吾尔自治区，简称“新”。在清朝乾隆时期，这片土地被命名为“新疆”，寓意着“故土新归”。

综上所述，新疆的祖先是回鹘人，这一民族在新疆的历史和文化发展中留下了深刻的印记。