蓝鲸的物种名称是 musculus，这个名称源自拉丁语，意为“强健”，但也可以戏谑地翻译为“小老鼠”。在林奈1758年的经典著作《自然系统》中，他可能知道这个双关语，因此幽默地使用了这个名称。此外，蓝鲸还有其他一些常见的名称，如西巴德鲸、塞巴氏须鲸（Sibbald's Rorqual）、大蓝鲸（Great Blue Whale）以及大北须鲸、巨北须鲸（Great Northern Rorqual），但这些名称在近代已较少使用。在赫尔曼·梅尔维尔的小说《白鲸记》中，蓝鲸被称为硫磺底（Sulphur-bottom），这是由于矽藻附着在蓝鲸皮肤上，使其下侧呈现出橘棕色或淡黄色。