50音图中有三种发音的原因主要与 假名的构造和日语的发音系统有关。以下是详细解释：

平假名和片假名的重复

在50音图中，有些假名是平假名和片假名写法相同的重复，例如“い”和“へ”。这是为了美观和按段背诵的方便。

や行和わ行的补足

や行和わ行各有3个和2个假名，为了美观和按段背诵的方便，将缺少的假名用其同段あ行的对应假名补充上，因此产生了重复。例如，“やゆよわを”和“いゆえよわいうえを”中的“い”、“ゆ”、“え”都是为了凑足音节而重复的，实际上这一行只有三个音。

记忆和发音的方便

50音图中的某些发音可能看起来重复，但实际上是为了方便记忆和发音。例如，“い”、“う”、“え”的重复可能是为了凑足音节，使学习者更容易记住这些音节的发音。

日语的发音系统

日语有清音、浊音、半浊音、拨音等多种发音方式。50音图主要展示了清音的发音，但实际日语中还包括浊音、半浊音、拨音等发音方式。这些发音方式在50音图中可能没有明确表示，但它们是日语发音系统的一部分。

历史和文化因素

50音图（原名5音图）是从中国引进的概念，最初并不叫50音图。创造50音图的人被认为是明觉和尚，他在11世纪后期平安时代编写了《反音作法》。因此，50音图的发音系统可能受到了中文发音的影响。

综上所述，50音图中有三种发音（实际上是多种发音方式）的原因主要是为了美观、记忆和发音的方便，以及日语的发音系统和历史文化因素。虽然50音图主要展示了清音的发音，但实际日语中还包括浊音、半浊音、拨音等多种发音方式。