南苏丹拥有多个机场，其中最著名的是 朱巴机场。朱巴机场是南苏丹唯一的国际机场，位于首都朱巴市东北方向的白尼罗河西岸，由南苏丹民航管理局运营管理。该机场有定期航班飞往苏丹的喀土穆、肯尼亚的内罗毕、乌干达的恩德培等地，并且是联合国南苏丹特派团飞往全国任务区的航班出发地。

此外，南苏丹还有其他一些小型机场，分散在各州的重要城市。例如，马拉凯尔国际机场位于南苏丹东北部，是该国另一座国际机场。科瓦乔克机场位于南苏丹瓦拉普州，是瓦拉普州通往其他地区的重要空中交通枢纽。还有瓦乌机场，这座机场可以起降中大型飞机，是联合国南苏丹特派团遂行人道主义物资运送和联合国军警人员调动的重要设施。

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