如果您的手机QQ设置了自动回复，但别人发消息时没有自动回复，可能的原因有以下几种：

在线状态设置问题

确保您的QQ设置为“离开”、“忙碌”或“请勿打扰”状态，因为只有在这些状态下，自动回复才会生效。

检查您的在线状态是否正确设置，有时候可能无意中切换到了默认的在线状态。

系统权限问题

确保手机给予了QQ后台运行的系统权限。如果没有这个权限，QQ将无法正常运行，从而无法自动回复。

网络信号问题

检查手机的网络信号是否良好。网络信号差可能导致QQ无法获取联系人的消息，从而无法进行自动回复。

后台应用过多

如果手机后台运行的应用过多，可能导致手机卡顿，影响QQ后台的正常运行。可以尝试清理手机运行内存，关闭不必要的程序。

QQ应用程序故障

QQ应用程序本身可能存在故障，导致操作指令部分缺失。可以尝试卸载QQ后重新安装，再次登录设置。

消息勿扰设置

检查是否对某个人设置了消息勿扰，这可能会导致没有提醒，从而不会自动回复。

自动回复内容设置问题

确保在QQ的自动回复设置中已经填写了回复内容，且内容不为空。

QQ版本问题

如果您使用的是较旧的QQ版本，可能存在已知的bug。尝试更新到最新版本的QQ，看是否能解决问题。

通过以上步骤，您应该能够找到并解决自动回复不生效的问题。如果问题仍然存在，建议联系腾讯客服寻求进一步的帮助。