《少年派的奇幻漂流》中沉船的原因存在多种解释，以下是一些主要的理论：

动物饲料中的镇定剂

厨师和派的父亲发生争执，厨师怀恨在心，杀了他们的动物做饭，用来报复。然而，厨师并不知道父亲在动物的饲料里放了镇定剂，所以事故发生时，只有这三个吃素的人得以有足够清醒的意志得以逃生，也可能正是船上的人员因此服用了镇定剂，才会导致事故的发生。

食物中毒

船上的食物有牛和猪，主角父亲是个商人，平时不怎么照顾动物，所以要打镇静剂给动物。误打给了食用的猪，导致暴风雨来临的夜晚无人驾驶，翻船。并且无人逃生，因为全都被麻醉了。

船体内部破裂

船体破裂原因是内部破裂，派和后来的两个日本调查员均认为是因为船过于老旧，锅炉爆炸造成的。

水雷爆炸

上一个回答是派的父亲买了高额保险，然后把水雷藏在香蕉里运上船，准备在中途炸沉船只骗保，但是船沉以后他们迷失了方向没有和派的叔叔汇合，才有了后来骇人的漂流。

恶劣天气

少年派去看暴风雨，常识来说，是没有这么蠢的人的，且，那种级别的风雨，派没有道理能在船舷上站稳，当然，不排除电影表达的问题。

综合以上信息，可以推测沉船的原因可能是多方面的，包括动物饲料中的镇定剂、食物中毒、船体内部破裂、水雷爆炸以及恶劣天气等。具体原因可能因电影中的隐喻和象征意义而有所不同，但以上几种解释较为可信。