仙剑奇侠传5在反激活后，如果重做系统，之前保存的存档仍然存在。以下是相关信息的整理：

存档位置：

游戏存档通常保存在游戏目录下的“save”文件夹中。只要游戏目录还在，存档文件就不会丢失。

反激活的必要性：

反激活是为了在更换电脑或重装系统后，能够重新激活游戏。如果不进行反激活，重装系统后激活信息会丢失，相当于失去了一次激活次数。

备份存档：

为了确保存档安全，建议在重装系统前备份存档文件。可以将游戏目录下的“save”文件夹复制出来进行备份。

系统恢复：

如果系统重做后忘记了反激活，但之前有备份原系统，可以通过恢复原系统来重新获得激活码，并进行反激活。

综上所述，只要游戏目录和存档文件没有丢失，并且进行了适当的备份，即使重做系统后，之前保存的存档仍然可以通过反激活和重新激活来使用。建议在游戏重装前后都进行存档备份，以确保游戏体验不受影响。