是的，纪廷和止安在小说《晨昏》中最后在一起了。

虽然纪廷一直都知道止安的姐姐止怡深爱着自己，但他和止安还是最终走到了一起。他们的爱情故事有些复杂，但可以说是丰富多彩的。顾止怡和止安姐妹俩都爱上了邻家哥哥纪廷，而止安的感情故事更是曲折，她初中时早恋，还被纪廷当场看见，并且还与教她学画的老师谢斯年有染，他们甚至师生同居过。

此外，有多条证据表明纪廷和止安在小说的结尾是在一起的。例如，有读者认为小说的尾声表明纪廷追出来了，从而可以理解为他们最终在一起。还有读者根据作者辛夷坞的说法，认为《晨昏》的网络版是一个开放性的结局，但纸书版中纪廷最终追出了止安，因此可以认为这是一个好的结局。

综上所述，可以确认纪廷和止安在小说《晨昏》中最后是在一起了。