是的，《你的名字》的男女主角立花泷和宫水三叶最后在一起了。尽管他们在电影的最后并没有明确认出对方，但他们之间存在着一种奇妙的联系，仿佛曾经见过。此外，有观点认为他们在《天气之子》中有过客串，并且两位主角对彼此有着深厚的感情。尽管存在关于他们是否已经结婚的猜测，但新海诚在访谈中确认了泷和三叶两人已经结婚。因此，可以得出结论，立花泷和宫水三叶在小说的结尾是在一起的。