刘裕并没有将司马家族完全灭族。虽然刘裕在篡夺政权过程中对司马家族成员进行了大规模的杀戮，但他并没有杀死所有的司马家族成员。据历史记载，刘裕只是杀了一些对他有威胁的司马家族成员，而司马家族的其他成员在刘裕统治时期仍然受到了一定的待遇，甚至有的成员在后来的历史时期仍然担任了重要的职务。

此外，虽然有些文献提到刘裕杀了六个皇帝并灭司马家全族，但这些说法的权威性和可信度较低，且存在矛盾之处。例如，有文献称刘裕的后代司马药师在梁朝时代仍然是零陵王，这表明司马家族并没有被完全灭族。

因此，综合现有史料，刘裕并没有将司马家族完全灭族，只是对其中一些成员进行了杀戮。