刘禹锡在苏州的内心想法可以从他的行动和诗歌中窥见一二。

首先，刘禹锡在苏州刺史任上，面对前一年发生的大水灾，他立即察视灾情，为民请命，赈恤灾民。他不仅上报朝廷，争取赐米赈灾的敕令，还从本洲常平义仓中调拨了十二万石米，逐户分发，并宣布减免赋役。他的这些努力不仅消除了灾情，还赢得了苏州人民的敬仰，将他与韦应物、白居易一起称为苏州三杰，并为他们建立了三贤堂。这些行为表明，刘禹锡对苏州人民的苦难深感同情，并尽心尽力地帮助他们度过难关。

其次，刘禹锡在苏州期间，曾应曾任过司空官职的李绅之邀，饮酒作诗。在诗中，他流露出对苏州的深厚感情，同时也表现出一种无奈和悲情。例如，他写道：“高髻云鬓新样妆，春风一曲杜韦娘，司空见惯浑闲事，断尽苏州刺史肠。”这首诗中的“断尽苏州刺史肠”一句，表达了他对苏州的深深眷恋和即将离开的悲痛。

综合以上信息，可以推测刘禹锡在苏州的内心想法主要是对苏州人民的同情和帮助，以及对自己命运的无奈和对苏州的深深眷恋。他通过自己的行动和诗歌，表达了他对苏州的热爱和对人民的关怀。