使用PE和软碟通安装系统各有优缺点，具体选择哪种方法更好取决于用户的实际需求和偏好。以下是它们的一些比较：

格式化方式

PE：将U盘格式化为USB-HDD或USB-ZIP，然后将GHO文件复制到U盘上。这种方式适用范围广，稳定且简单。

软碟通：将U盘格式化为USB-CDROM，然后将系统镜像刻录到U盘上。这种方式有的U盘芯片不支持，且可能涉及到版权问题。

稳定性和操作简便性

PE：进入PE系统后，用户可以进行数据转移、硬盘分区等操作，且操作相对简单稳定。

软碟通：虽然可以刻录系统镜像，但操作相对复杂一些，且可能存在安全风险。

兼容性和驱动支持

PE：通常包含丰富的驱动包，能够兼容多种硬件，确保系统安装后能够正常使用网卡驱动等。

软碟通：可能无法提供与PE相同的驱动支持，尤其是对于一些较新的硬件设备。

正版与安全性

PE：通常使用官方的GHO文件，安全性较高。

软碟通：如果使用的是非官方的系统镜像，可能存在安全风险，因为互联网上存在许多嵌入木马的免费Windows系统。

建议

如果追求稳定性和简便性，且对硬件兼容性有较高要求，建议使用PE系统进行安装。可以选择如老毛桃U盘PE启动工具等可靠的工具来制作PE启动盘。

如果需要刻录系统镜像且对兼容性有较高要求，可以考虑使用软碟通，但务必确保使用的是官方或可信赖的系统镜像，以避免安全风险。

综合考虑，PE系统在稳定性和操作简便性方面更具优势，而软碟通在兼容性方面可能更好一些，尤其是对于较新的硬件设备。用户可以根据自己的实际需求和硬件配置来选择合适的方法。