动车追尾事故的真正原因主要包括 管理混乱和违规操作。具体原因如下：

管理混乱：

通号集团在LKD2—T1型列控中心设备的研发过程中存在严重的管理问题，未能充分履行作为甬温线通信信号集成总承包商的职责，导致提供的设备存在设计缺陷和重大安全隐患。

违规操作：

国家铁道部在设备的招投标、技术审查和上道使用等方面也存在违规操作，未能严格把关，致使存在缺陷的设备被投入使用。

设备故障：

温州南站列控中心的采集驱动单元采集电路电源回路中的保险管F2被雷击熔断后，采集数据无法更新，错误地控制了轨道电路发码及信号显示，使得行车处于不安全状态。

信号设备缺陷：

温州南站信号设备在设计上存在严重缺陷，遭雷击发生故障后，导致本应显示为红灯的区间信号机错误显示为绿灯。

防雷技术问题：

雷击造成设备故障后，应急处置不力，导致列车未能及时停车。

综上所述，动车追尾事故的原因是多方面的，包括管理混乱、违规操作、设备故障、信号设备缺陷以及防雷技术问题。这些因素共同导致了事故的发生。