克隆空间时存在一些限制，导致不能完全克隆下来，主要原因包括：

收费道具和模块数量限制

克隆空间时，除了收费物品外，全部都是可以克隆的。但如果空间中包含需要黄钻才能使用的收费道具或模块数量达到限定数量后，这些内容将无法被完全克隆。

技术限制

克隆技术本身可能存在不完善之处，尤其是在涉及复杂的人类思维和大脑复制方面。虽然现代克隆技术在动物克隆上取得了一定进展，但成功率仍然很低，且存在伦理道德和生态平衡等问题。

空间设置和自定义内容

某些空间设置和自定义内容可能需要特定的权限或等级才能使用，例如黄钻等级。如果用户的黄钻等级不足，这些内容将无法被克隆。

技术故障或代码问题

克隆过程中可能出现技术故障或代码问题，导致克隆出来的空间内容不完整或出现错误。

综上所述，克隆空间不能完全克隆下来的原因主要包括收费道具和模块数量限制、技术限制、空间设置和自定义内容的权限问题，以及可能的技术故障或代码问题。建议在克隆空间前，确保自己具备足够的权限和条件，并仔细检查空间内容，以避免克隆不完整的问题。